“Killer B”による連続殺人事件から数ヶ月。ユナを取り戻した黒羽は平穏な日常を過ごしていた。平和な日々の中、突然、黒羽の身体に謎の反応が走る。そこに現れたのはかつてファウラ・ブランカ研究所で死に別れたはずの霧雨だった。再会できたことを喜びながらも、霧雨の「仲間として一緒に戦ってほしい」という誘いに困惑する黒羽。一方、単独で捜査をしていたキースは頻発しているレジー死亡事件の黒幕へ辿り着く。

キースを人質に取られ、雪風たちの命令に従いザカリーを誘拐した黒羽。殺害を躊躇する黒羽の前で、ザカリーを手にかけた華残たちは、それを”Killer B”の事件として大々的に演出する。事件を知ったRISのメンバーはキース不在のまま捜査に動き出す。一方で、黒羽は次の標的を暗殺するためにザカリーの葬儀が行われている教会を襲撃する。

行方知らずのキースを単独で捜索するリリィ。調べを進めるとキースは“自分が連れ去られる”ことまで想定して捜査していたことに気付く。捜索現場に現れた黒羽とともに手がかりを探すため、王立警察の資料課へ向かう。キースのデスクから資料を持ち帰ろうとすると敵の襲撃に合う。止まない攻撃に追い込まれる2人。その時、相手に向かって一発の銃弾が突き抜ける。2人のピンチを救ったのは思いもよらぬ人物だった。

霧雨の策略により古塔に監禁されたキース。脱出するための道具や食料もなく、体力の限界が近づいてくる。死を受け入れつつあるキースの前に、在りし日の幻影が現れる。これまで秘めていた思いを吐露するキース。その末に思い出したのは、リリィとのちっぽけな約束だった。
その頃、リリィたちは集めてきた手がかりを元にキースの居場所にあたりを付ける。

キース救出のため古塔を訪れた黒羽を待ち伏せていた朝霧。次世代のカノンである彼女は、自身のコピー能力で黒羽の力を手に入れていた。同じ頃、リリィと国王もキースの捜索を続けていたが敵に尾行されていることに気付く。尾行を撒き国王を守るためにリリィは車を疾走させる。激しいカーチェイスの末に尾行を撒き、RISのメンバーと合流した所に現れたのは、国王を迎えに来た霧雨と雪風だった。

国家を揺るがす真実に気づいたキース達。”Killer B"は国家反逆者としてRISに追われ、黒羽は日常から姿を消していた。レジーによる犯罪に目を背けながらも、一見すると穏やかな日常を取り戻しつつある世界。そんな偽物の平穏を打ち破るように、壁に刻まれたBのマークがテレビに映し出される。それは黒羽から霧雨に向けたメッセージだった。